Les travaux de la CNCDH sont placés sous la responsabilité d’un bureau composé du président, de deux vice-présidents et du secrétaire général. Le bureau fixe le calendrier et l’ordre du jour des réunions. Un comité de coordination et de réflexion coordonne les travaux des sous-commissions, prépare les assemblées plénières. Constituée par l’ensemble des membres titulaires nommés, l’assemblée plénière se réunit au moins six fois par an. Elle adopte les avis à la majorité.

Les représentants du pouvoir exécutif participent pleinement aux travaux et aux discussions mais n’ont pas voix délibérative. Les avis de la Commission sont préparés par quatre sous-commissions qui se réunissent chacune au moins une fois par mois.