Ainsi, la CNCDH regrette-elle l’absence dans l’avant-projet de loi d’harmonisation du droit interne avec le Statut de Rome s’agissant de la définition du crime de génocide et de la définition du crime d'incitation directe et publique au crime de génocide. Elle note que l’avant-projet propose un nouvel article du Code pénal portant définition et répression du crime contre l’humanité, mais regrette que ni la définition retenue, ni les agissements constitutifs du crime, ni les conditions en matière de responsabilité pénale des supérieurs hiérarchiques ne se conforment au Statut. Par ailleurs, elle constate que les définitions des crimes de guerre retenues par l’avant-projet laissent subsister des lacunes et des disparités avec celles du Statut de Rome et des infractions graves aux Conventions de Genève de 1949 et au Protocole additionnel I de 1977.

Enfin, la CNCDH s’oppose au monopole des poursuites confié au ministère public pour l’exercice de la compétence universelle. Elle demande la mise en place d’un système permettant que toute personne recherchée pour l’un des crimes visés par le Statut de Rome puisse être poursuivie et jugée par les juridictions françaises dès lors qu’il existe des éléments suffisants laissant supposer qu’elle se trouve sur le territoire français.