S'agissant de l'application de la Convention au niveau national, la CNCDH considère indispensable la mise en place,dans l'ensemble des ministères, de points de contact en charge de l'élaboration et de l'application des lois et des politiques relatives au handicap. Elle recommande des points de contacts spécialisés sur les questions de handicap, présents au niveau local (collectivités territoriales, conseil généraux, départements, régions, etc.) et surtout dotés des capacités et des moyens suffisants pour remplir leur mission et faire fonctionner le dispositif d'ensemble. Bien qu'un dispositif de coordination de ces points de contacts ne soit que facultatif dans la Convention, la CNCDH considère ce dispositif nécessaire à la cohérence et l'effectivité de la Convention. Elle souligne d'ailleurs l'importance des associations représentatives des personnes handicapées et d'institutions comme le CIH, le CNCPH ou encore des CDCPH s'agissant de ce dispositif.

S'agissant de la promotion, la protection et le suivi de la Convention au niveau national, la CNCDH recommande, en tant qu'institutions respectueuses des Principes de Paris et au regard de leur mandat et de leur expérience, la HALDE et elle-même pour effectuer de manière complémentaire ces trois missions. Notant que d'autres autorités, tel que le Médiateur de la République, le CNDS, la CNIL et le CGLP sont compétentes en la matière la CNCDH s'estime être le coordinateur naturel de ces différents mécanismes et garante d'une coopération structurée et renforcée. Elle souligne par ailleurs que la charge de ces nouvelles missions doit s'accompagner d'une réévaluation de ses moyens humains et matériels.

Enfin, s'agissant de la participation effective de la société civile au mécanisme de suivi, la CNCDH admet qu'elle doit établir et/ou renforcer ses relations avec la société civile, les personnes handicapées et les organisations qui les représentent, notamment le Comité d'Entente et le CFHE.